对于在监狱服刑的犯人，两汉时期的统治者多以仁德宽厚之心待之，严格审讯用刑制度，严查在押囚犯的审判记录，严禁狱吏在监管期间对在押囚犯施行暴力，在一定程度上尊重了普通生命的价值和意义，体现了对待囚徒惩罚的人性化。

汉宣帝即位之初，司法官员路温舒上书奏请“尚德缓刑”。他高度赞扬汉文帝崇仁省刑的思想主张，“文帝永思至德，以承天心，崇仁义，省刑罚，通关梁，一远近，敬贤如大宾，爱民如赤子，内恕情之所安，而施之于海内。是以囹圄空虚，天下太平。”指出自秦以来社会未达太平的原因之一在于“狱乱”，“夫狱者，天下之大命也，死者不可复生，绝者不可复属。”而狱吏却“专为深刻残贼而亡极，偷为一切，不顾国患，此世之大贼也。……故天下之患，莫深于狱；败法乱正，离亲塞道，莫甚乎治狱之吏”。他希望宣帝能够“除诽谤以招切言，开天下之口，广箴谏之路，扫亡秦之失，尊文武之德，省法制，宽刑罚，以废治狱”。若能如此，可谓“天下幸甚”。宣帝善其言，不仅迁路温舒为广阳私府长，并且下诏在廷尉下面设置廷平四员，秩六百石，专职负责审理冤狱。而核理冤狱亦成为两汉廉政制度在司法体系方面的表现之一。

汉章帝时期，有些官员仅凭一时之喜怒来判定老百姓是否犯罪，导致一年之中入狱自杀的人数多于明确判刑的，违背了官吏为民父母的初衷，于是，汉章帝下诏责令相关部门纠察此种恶劣行径。汉质帝时也曾于本初元年（146 年）诏令天下，坚决反对滥用刑罚的行为。灵帝虽不是明君，亦于熹平五年（176年）派侍御史奔赴各地，详查冤假错案，对于罪责轻微的在押犯人适度减免部分刑罚，并适度减轻囚犯们的劳动强度。

为了确保审判的公正，防止冤假错案发生，汉朝创设了录囚制度。录囚最早是刺史奉命所为，西汉武帝设置刺史后，刺史每年秋冬季巡行诸郡，按照“六条诏书”行使职责，其中之一就是“断治冤狱”。这一制度发展至东汉明帝时，皇帝亦有亲录囚徒之事。作为监督监狱管理的执行司法制度，录囚制度有利于提高司法官员明法慎刑的意识，因而为历代王朝所重视，成为朝廷监督全国司法状况的重要手段，对后世司法实践产生了积极的影响。

对于在押犯人中的老弱病残人士，两汉政府更为重视，强调贯彻儒家的恤刑思想，多施行宽仁的减免措施。

汉朝对于案件的审理都以案发地为管辖原则，县不仅是地方行政机构，也是基层法院。如果高官贵族犯案，或者涉及谋反叛乱等威胁皇权的要案，一般由中央直接处理。对于地方官吏不敢或难以决断的重大疑难案件，亦可向上一级主管部门汇报，是为报谳审批的制度。汉朝统治者出于“慎刑”的考虑，为了减少主客观失误，既不放过罪犯，也不冤枉好人，恢复自秦汉开始在司法程序中设立的复审制度——“乞鞫”。如果乞鞫，须在判决公布三个月内向被告人所在地的司法机关提出，否则不得请求复审。如果当事人认为蒙受冤狱严重，也可越级上书中央司法机关申冤，是为“诣阙上书”。这一制度对纠正地方司法不公、减少冤假错案、缓和社会矛盾等起到了一定积极意义。