洪武二年（1369 年），太祖开科取士，宣布以朱熹等“传注为宗”，朱学遂成为巩固封建社会统治秩序强有力的精神支柱。其中经过些许曲折，到洪武十五年（1382 年），以理学为宗的科举制度最终被确立下来，科举与理学渐进并紧密的结合。

永乐十二年（1414 年），中央政府下令纂修，《五经大全》《四书大全》和《性理大全》。其目的十分明显，就是在思想界确立一种权威思想，为其中央集权专制的政治服务。概而言之，前两部为圣贤经义要道，后一部则是搜罗节选周、程、张、朱阐注六经的著作。这三部大全的颁布，标志着理学统治地位的最终确立。但是这三部大全，由于皇帝的诏命，纂修不到一年，草草而就，结果竟成了朱明近三百年来的理学的权威解释。为了更好地传播统治阶层的思想理念，如何完备科举制度就被提到日程上来。

科举制度大刀阔斧的改革也为太祖成祖两朝奠定了基础，科举考试独重进士一科，而题目又专取《易》《书》《诗》《春秋》《礼记》《五经》和《四子书》之内容。这些内容的标准答案就是以三部大全为准绳的。不仅如此，在考试问题上，也出现了体裁严密的八股文，“其文略仿宋经义，然代古人语气为之，体用排偶谓之八股，通谓之制义”。这种文体并不考查思想的创造，而最为重视考生的考试技能，这正是标准化考试需要的，但是对于学术之创新又是危害极大。而且明朝的政策：“使中外文武，借由科举而选，非科举，毋得为官。”这样科举考试便成了士人入仕最为重要的途径，尤其是对于绝大多数的中下层社会士人而言，更是如此。而理学传播的最基本的团体就是这部分人，他们在功名利益的吸引之下，大部分的精力花费在三部大全之中，而科举考试又有严格的标准答案，此种情况下就不允许他们有自己的创造。这样大量的知识分子的宝贵时间和有限的精力就被束缚在三部大全之中，除此之外，几乎一书不读，理学的发展自然就后继乏人了。《明史·儒林传序》云：“经学非汉唐之精专，性理袭宋元之糟粕，论者谓科举盛而学术微”，如此评价，可谓一针见血。

明朝科举与理学的结合，将理学推上了思想王者的殿堂，但是，随着八股文的实行，科举不再是注重考察思想的创造，而演变为重视考生的考试技能，而且人们的思想渐渐地受到禁锢，学术式微，学风也脱离了务实的思想。