蜀汉政权以汉朝正统自居，因此在刑罚方法上也基本上遵循汉文帝废肉刑以后的刑罚制度。从现有史料来看，在蜀汉统治时期未有使用肉刑的案例。其刑罚方法主要有以下几种。

1. 杖罚

蜀汉设有杖罚，凡官民过犯，情节轻微者，一律处以杖刑。

2. 废徙

废徙，主要针对有官爵者所适用，兼有行政处罚与刑事处罚两方面的特点。一是指剥夺其官爵、废为庶民；二是迁往荒芜不毛之处、就地安置。废徙是蜀汉政权应用比较多的一种刑罚方法。

3. 弃市

蜀汉政权执行死刑的主要方法是弃市。

4. 连坐

一人犯罪，连坐其父母、兄弟、妻子，是以有罪诛及无罪。在蜀汉统治地区，虽然族刑连坐仍然存在，但很少使用。

在蜀汉的监狱制度中，历史文献留下的资料几乎没有。在刑罚制度中，较有建树的当属“赦不妄下”的刑事政策。赦是在判定被告人有罪的前提下免除其刑罚的一种法律制度。赦刑制度作为宽刑省罚的一种措施，对在阶级社会中缓和统治阶级与被压迫者之间的矛盾有过一定的作用。但若运用不当，滥赦有罪，也会给社会稳定造成一定的威胁。因此，历史上比较有远见的地主阶级政治家都主张慎用赦刑。

诸葛亮对赦的看法与运用极其慎重，《三国志·蜀书·后主传》评曰：“诸葛亮为政，军旅屡兴，而赦不妄下，不亦卓乎！”《华阳国志》曰：“丞相亮时，有言公惜赦者，亮答曰：‘治世以大德，不以小惠，故匡衡、吴汉不愿为赦。先帝亦言，吾周旋陈方元，郑康成问，每见启告，治乱之道悉矣，曾不语赦也。若刘景升、季玉父子，岁岁赦宥，何益于治？’”诸葛亮当政时期，刘备即皇帝位，大赦；后主刘禅继皇帝位，大赦；基本上没有再颁布过大赦令。诸葛亮治国治军，厉行法治，赏罚严明，有罪必诛，有功必赏。因此，对定罪判刑的人，决不轻易赦免，形成了“赦不妄下”的刑事政策。