秦朝实行行政司法合一体制，行政机构作为政令与法律的执行部门，是国家机关的主干，以司法体制为保障，在管理社会、治理人民中起着重要作用。司法机构分中央与地方两级。中央行政管理体制是行政与司法合一的国家体制，中央的司法机构和官职是廷尉，实质上只是皇帝的办事机构而已。地方的司法机构又分郡、县两级，地方上的司法专职人员都受各级行政机关统辖，其最后决定权也由行政机关的第一负责人决定。地方政府在行使司法职权上是有一定限度的，重大案件必须上报中央政府，其最后决定权在皇帝手中。总体来讲，秦朝的司法体制自上而下分为五个层面。
第一层面为“皇帝”。皇帝，是国家的最高统治者，集行政、立法、司法诸权于一身，“天下之事无大小，皆决于上”，一切政务皆凭皇帝个人独断专行，皇帝是一个独裁的专制统治者。
第二层面为“廷尉”。廷尉是秦朝的中央司法机关，最高司法官亦称廷尉。廷尉负责审理皇帝指定的案件、地方送来的疑难案件。秦简《尉杂》律中有：“岁雠辟律于御史。”
第三层面为“郡守”。秦朝的地方一级行政机构为郡，郡既是行政机构，又是司法机关，因而，郡守既是行政长官又是司法官员。郡守自行裁决一般案件，重大疑难案件报请中央廷尉处理。《法律答问》中有：“今郡守为廷不为？为也。”郡守有司法审判之权。郡守之下，设有决曹掾，为专职的司法官吏。
第四层面为“县令”。秦朝的地方二级行政机构为县，同郡一样，县也既是行政机构，又是司法机关，因而，县令也既是行政长官又是司法官员。县令自行裁决一般案件，重大疑难案件报请中央廷尉处理。县廷则设有丞，主管一县之司法事务。
第五层面为“有秩、啬夫”。县以下的组织是乡，乡以下是亭，亭以下是里。这些基层机构也有一定的司法管辖权，如有秩、啬夫。大乡达到五千户的，郡指派有秩；小乡不到五千户的，县指派啬夫。二者虽不同时设置，但职责相同，主调解纠纷，平断曲直，收赋税，征徭役。
