以忽必烈、耶律楚材为代表的元朝统治集团，在入主中原以后，为适应高度发展的汉族地区的封建政治、经济、文化的发展需要，适时采取了笼络汉族地主阶级及其知识分子、积极推行封建化的各项政策，并通过“附会汉法”“参照唐宋之制”确定了元朝监狱制度。这不仅有利于全国狱制的统一适用，也有助于元国家初建时狱制的发展。元英宗至治三年（1323 年），制定颁行了《大元通制》。这是元朝的主要法典，也是元朝监狱法律条文最为集中的一部法典。元朝监狱立法较之辽、金各代，有明显进步。但与唐、宋等朝的监狱立法相比，却失之于庞杂粗糙。《大元通制》的监狱法规，散见于《职制》上下、《恤刑》《平反》《捕亡》各部分，富有民族特色。

第一，民族压迫色彩浓厚。元朝的统治者以征服欧亚大陆的民族自居，有着强烈的民族优越感和种族偏见。元朝将统治下的民众按民族划分为四等，蒙古人为第一等，色目人（是指来自西域及中国西北各族，包括哈剌鲁、钦察、畏吾尔、回族等）为第二等，第三等是汉人，第四等是南人即原南宋统治下的民众。这四等人在政治、法律、刑狱上的地位和待遇都不一样。

其一，建立了以蒙古贵族垄断的监狱管理体制。元朝的中央监狱和地方监狱，其最高长官均由蒙古贵族达鲁花赤管辖，或者设蒙古族狱官，治狱大权完全操纵在蒙古贵族手中。这就从组织上确立了蒙古民族在治狱上的特权地位，《元史·百官志序》指出：“官有常职，位有常员，其长则蒙古人为之。”

其二，刑罚处置上具有民族差别。首先，法律地位不同。蒙古人与汉人、南人发生冲突，“蒙古人打汉人，不得还报”。其次，在法律上明文规定蒙古人犯罪与汉人犯罪同罪不同罚。按照元朝法律规定，凡犯窃盗罪，都要附加刺字之刑，但蒙古人犯窃盗、强盗罪却“不在刺字之条”，如违犯，狱官处杖七十七，除名，并“将已刺字，去之”。再次，犯罪的处理归属不同。元朝法律规定，蒙古人案件归大宗正府处理，汉人、南人案件归刑部。

其三，蒙古人享有狱政特权。元朝法律规定：“请正蒙古人，除犯死罪监禁，依法有司不得拷掠，仍日给饮食，犯真奸盗者，解束带、佩褒散收；余犯轻重者，以理对证，有司勿拘执之。”蒙古人除犯死罪之外，概不监禁，甚至不拘执，死罪监禁也不准拷掠。相反，汉人常常以无罪或轻罪被投入监狱，戴枷锁，服苦役，备受摧残，被迫害致死者不计其数。

第二，宗教成分突出，僧侣享有狱政特权。宗教是统治者用来欺骗和麻醉被压迫人民的工具手段，这在元朝尤为突出。元朝统治者奉藏传佛教为国教，元世祖尊西藏名僧八思巴为帝师，帝师作为佛教的最高领袖，其法旨在西方吐蕃地区与皇帝诏旨并行。元朝中央设宣政院、地方设行宣政院，专门审理僧侣案件。法律对僧侣人身财产也给予种种保护，法律规定：“殴西番僧者截其手，詈之者断其舌。”

佛教领袖更是享有特权，他们借“修佛事”、做“好事”“祈福”的名义，奏释在押罪人。《元史·刑法志》：“赦令历代所同，独以修佛事而释重囚，则惟蒙古有之。”《元史·释老列传》也说：“又每岁必因好事奏释轻重囚徒，以为福利，虽大臣如何里……莫不假是以逭追其诛。宣政院参议李良弼，受赇鬻官，直以帝师之言纵之。其余杀人之盗，作奸之徒，夤缘幸免者多。至或取空名宣敕以为布施，而任其人，可谓滥矣。”

元朝佛教领袖不顾国家法律和司法审判程序，以假借“祈福”等名义随意释放在押犯，从中渔利，这种随意释囚的后果，往往是有罪者逍遥法外，无罪受冤者遭禁系残杀，引起了人们的不满。元朝中书右丞答剌罕质问说：“僧人修佛事毕，比释重囚，有杀人及妻妾杀大者，皆提名释之，生者苟免死，死者含冤，于福何在！”元朝实行的宗教与世俗权力并行的司法制度，宗教领袖享有狱政特权，给元朝的狱制带来恶劣的影响。